Учреждение создано на основании приказа Министерства здравоохранения Республики Крым от 11.03.1993г. № 40 «Об организации Республиканского Центра профилактики и борьбы со СПИДом» на правах самостоятельного лечебно-профилактического учреждения с правом юридического лица.
ГБУЗ РК «Центр профилактики и борьбы со СПИДом» — это специализированное учреждение здравоохранения, оказывающее консультативно-диагностическую и лечебно-профилактическую помощь больным ВИЧ-инфекцией и другими инфекционными заболеваниями, также выполняет функции организационно методического центра и осуществляет руководство системой организации борьбы с ВИЧ-инфекцией на территории Республики Крым.